Segunda parte começa com duas mexidas na selecção portuguesa. André Silva a fazer a sua estreia em jogos oficiais com a camisola das quinas, ao entrar para o lugar de Éder. João Mário entrava no meio campo para o lugar de William Carvalho. Os suíços não mexeram.
Primeiro sinal de perigo para Portugal. Recuperação de Moutinho, André Silva na condução de bola, a libertar na esquerda para Bernardo Silva, mas o médio do Mónaco a rematar mais uma vez ao lado. Sinal de uma entrada a pressionar da equipa portuguesa com a clara vontade de mudar o rumo dos acontecimentos. Aos 54 minutos, um flashback da primeira parte, só que desta vez do outro lado. João Mário a tentar o penálti, mas o árbitro a não ir na cantiga do agora médio do Inter.
Com 60 minutos decorridos continuava a estar bem presente o maior pendor ofensivo de Portugal, mas a defesa helvética não baixava a guarda, apesar de alguns processos de saída de bola. Aos 62, Cédric cai na grande área da Suíça, mas mais uma vez num lance sem nada a assinalar. Aos 67 minutos, Fernando Santos faz a última mexida na equipa, tirando Moutinho e colocando Quaresma em campo, fazendo com que João Mário fosse para o miolo.
A Suíça a dar o ar da sua graça nesta segunda parte, à entrada dos últimos 20 minutos. Num lance de contra-ataque, Dzemaili acaba por rematar ao lado da baliza à guarda de Rui Patrício. Resposta portuguesa num remate de ressaca de José Fonte, que vai para fora. Dez minutos mais tarde, Quaresma faz um cruzamento, Nani cabeceia, mas o poste nega o golo ao jogador do Valência.
Até ao final, Portugal foi insistindo para tentar marcar e reduzir a desvantagem, mas sem sucesso. Já no tempo de compensação, Xhaka, jogador contratado este ano pelo Arsenal, vê o segundo amarelo, fazendo com que os suíços acabem o jogo com menos um.
Derrota portuguesa no arranque para o Mundial 2018, primeira derrota em jogos oficiais para Fernando Santos, numa exibição que, apesar de melhor do que aquelas que se viram no Euro, acabou por não dar tantos frutos.