Começando pelo internacional português, chega ao FC Porto num polémico negócio com o Sporting CP no verão de 2010. Em litígio com a SAD verde e branca (tendo mesmo sido apelidado de “maçã podre”) ingressa no plantel às ordens de André Villas Boas por 10M€ mais o passe do central Nuno André Coelho. À data era a maior transferência de sempre entre clubes portugueses mas quem acompanha o fenómeno e conhece as qualidades de Moutinho sabe que, dada a sua cotação de mercado na altura e o seu posterior rendimento desportivo, acabou por ser uma das melhores e mais “baratas” contratações da história do clube.
Incorporou uma das melhores equipas do clube do século XXI e ganhou tudo o que havia para ganhar. Era e é um jogador altamente rotativo mas muito cerebral. Primoroso a gerir os ritmos de jogo, é um operário no meio campo que faz da sua inteligência na ocupação dos espaços a melhor arma no momento defensivo do jogo. No capítulo do passe é exímio. Pode dizer-se que o ponto mais fraco do seu jogo serão as aproximações à área adversária e a falta de golos que foi apresentando ao longo da carreira.
Em 2013 rumou ao Principado do Mónaco, num negócio que envolveu também o colombiano James Rodriguez e deixou 25M€ nos cofres da SAD liderada por Pinto da Costa.