Sai o pai, fica o filho bastardo, na forma da Mugen Honda, que continuou a desenvolver os V10 japoneses. Para quem não sabe, a Mugen, é uma preparadora japonesa, fundada por Hirotoshi Honda, o filho do fundador da Honda Motor Company, Soichiro Honda, contudo, totalmente independente da gigante japonesa. Curiosamente, apesar de a Honda não ter nenhuma parte da Mugen, o seu fundador Hirotoshi, é o principal detentor de ações da Honda Motor Company.
Voltando aos anos da Mugen, após passear por várias equipas como a Footwork, a Lotus (já em estado vegetativo) e a Ligier, os berrantes V10 japoneses começavam uma icónica parceria com a Jordan em 1998. Nesse ano conseguiam uma dobradinha no caótico GP da Bélgica, e em 1999, Heinz-Harald Frentzen ainda se tornou um dos candidatos ao título, que acabou por ser vencido por Mika Hakkinen na McLaren Mercedes.
Ao mesmo tempo que a Mugen se afirmava, a casa-mãe engendrava planos para um regresso em grande como equipa de fábrica, sobre a tutela de Harvey Postlethwaite. A equipa chegou a testar um carro durante 1999, com chassis desenhado pela Dallara e conduzido por Jos Verstappen. Durante este período, a equipa estava a analisar as melhores opções, negociando com a Jordan para se tornar uma equipa de fábrica, algo que Eddie Jordan recusou, porque a marca japonesa requeria a sua saída do controlo da equipa.
Apesar desta recusa, o carro de testes da Honda, mostrava-se muito competitivo, sendo que a equipa testava nos mesmos circuitos onde a Fórmula 1 competia, e consistentemente conseguia tempos que a colocavam precisamente no meio do pelotão, algo fantástico para uma equipa nova. Infelizmente, este projecto não viu a luz do dia, e foi colocado na prateleira após a trágica morte de Harvey Postlethwaite devido a um ataque cardíaco durante um dos testes.
A Honda não iria regressar como equipa de fábrica, mas iria fornecer motores, e tratar essa equipa como cliente prioritário. Após a recusa da Jordan, a Honda virou-se para a BAR, e em 2000, conseguiu um quinto lugar no campeonato de construtores, na estreia da parceria.
