Para a segunda parte, nenhum dos técnicos procedeu a alterações nos onzes.
E foram os leões a criarem a primeira grande ocasião de golo do segundo tempo. Uma jogada individual do centro campista Bruno Fernandes a rematar para defesa apertada do guarda redes checo, a bola sobra para Acuña que na recarga remata ao poste esquerdo da baliza checa, sobrando ainda para o extremo esquerdo argentino que acaba por rematar por cima do travessão.
Quando parecia que equipa liderada por Jorge Jesus queria ganhar o controlo do jogo, os checos acabariam por consumar o empate na eliminatória ao minuto 64, através de Bakos, o capitão a fazer o seu bis na partida.
No decorrer da segunda parte, JJ fez entrar Piccini (posicionando-se à direita do quarteto defensivo) e Montero (posicionando-se atrás de Bas Dost) para os lugares de Petrovic e Acuña respetivamente, derivando Battaglia para o meio campo e Bryan para a ala esquerda.
O técnico da equipa checa, Pavel Vrba, fez a sua primeira e única substituição no tempo regulamentar e já perto do apito final, colocando Krmencik no lugar do homem que bisou na partida, Bakos.
Ainda antes do apito final, o juíz da partida assinala castigo máximo sobre Bas Dost, que o mesmo acabaria por desperdiçar para defesa do guarda redes, e Bruno Fernandes, na recarga, remata por cima da baliza checa.
Foi necessário recorrer ao prolongamento para se decidir quem seguiria em frente na Liga Europa. Exibicionalmente a pior prestação da equipa portuguesa para as Competições Europeias, sobretudo em termos defensivos, uma equipa muito permeável para com a equipa adversária, o que dificultou a tarefa.
No decorrer dos trinta minutos adicionais, os dois técnicos esgotaram as alterações. Na equipa da casa, entraram Petrzela e Hejda para os lugares de Zeman e Reznik. No lado oposto, JJ colocou Ruben Ribeiro no lugar de Bryan Ruiz.
Ambas as equipas criaram várias ocasiões de golo. A equipa da casa, através de Havel e dos recém entrados Hejda e Petrzela, poderia ter colocado a bola no fundo das redes da baliza de São Patrício.
Foi no prolongamento que os leões conseguiram impor a sua qualidade e ganhar o controlo do jogo, o qual resultaria no tão desejado golo. A terminar a primeira parte do prolongamento, Piccini ganha pontapé de canto após jogada individual (que saudades deste italiano!). Na cobrança, Bruno Fernandes coloca a bola “redondinha” na cabeça de Battaglia que, mesmo agarrado pelo defesa checo, consegue cabecear para o fundo da baliza checa. Os leões voltavam assim para a frente da eliminatória. Depois do golo, Bas Dost ainda poderia ter empatado a partida, a cruzamento “puxado” de Gelson.
O Sporting passa esta batalha com boas indicações vindas do banco. Será necessário mais para a equipa leonina chegar à tão desejada final, a disputar em Lyon. Agora resta esperar pelo sorteio que se realiza dia dezasseis de Março.
Neste jogo, JJ alcançou um marco importante na sua história: completou a meia centena de jogos na segunda competição mais importante de clubes (Liga Europa, anteriormente designada Taça UEFA).